医院始建于1950年,前身为昆明铁路局中心医院,2004年4月整体移交云南省卫生厅管理,更名为云南省第三人民医院,是目前昆明市官渡区唯一一所集医疗、教学、科研、健康管理、职业病诊治为一体的省级三级甲等综合医院。2008年6月挂牌大理大学第二附属医院,2010年被确定为云南省省级公立医院综合改革试点单位。2017年成为云南省首家国家临床药物不良反应监测基地。2018年正式加挂云南省职业病医院。医院占地43亩,业务用房4万平方米。内设31个临床科室、8个医技科室、2个社区卫生服务站和2个诊所。全院编制床位1000张,设有层流手术室12间、层流产房2间、ICU病床17张、CCU病床20张、NCU病床10张。